Alignements locaux par programmation linéaire en nombres entiers by Collet-G

Alignements locaux par programmation linéaire en nombres entiers by Collet-G

D tecter des similarit s et des homologies entre prot ines est une tape cruciale du processus d'annotation des g nomes. Afin de d tecter des homologies, les alignements de s quences, globaux ou locaux, sont couramment utilis s. N anmoins, dans la zone d'ombre, nous devons utiliser les m thodes de reconnaissance de repliements. Dans ce domaine, le probl me du Protein Threading (PTP) utilise des param tres pair s pour aligner globalement une s quence de prot ine avec une structure de prot ine. notre connaissance, il n'existe pas de m thode d'alignement local utilisant des param tres pair s. partir du PTP, nous proposons cinq mod lisations math matiques de ces alignements locaux qui ont t impl ment es et test es gr ce au logiciel CPLEX 10.0. Nous avons ensuite d velopp un algorithme d di permettant de r soudre un de ces mod les. Cet algorithme utilise des techniques connues en recherche op rationnelle: la s paration- valuation, la descente de sous-gradient et la relaxation lagrangienne. Bien que les alignements locaux soient d'une plus grande complexit , nous montrons qu'ils sont r alisables et qu'ils am liorent la qualit des alignements.

SKU	Unavailable
ISBN 13	9786131532474
ISBN 10	6131532478
Title	Alignements locaux par programmation linéaire en nombres entiers
Author	Collet-G
Series	Omnuniveurop
Condition	Unavailable
Binding Type	Paperback
Publisher	Omniscriptum
Year published	2018-02-28
Number of pages	108
Cover note	Book picture is for illustrative purposes only, actual binding, cover or edition may vary.